Per començar a recórrer la història de la nostra escola hem de retrocedir uns quants anys enrere. Exactament, el 1862 quan Mn. Miquel Vallbona va crear el Col·legi Sant Miquel dels Sants. Així es va iniciar una escola que entroncava amb la llarga tradició d’una ciutat bolcada a l’ensenyament.
Uns quants anys després, a finals del segle XIX, el Col·legi ja preparava l'alumnat de Vic i comarca per entrar a la universitat. I a primers del segle XX oferia, a més del batxillerat, comerç, preparació pels peritatges agrícola, mecànic, químic electricista i industrial i cursos de dibuix i modelat escultòric.
Encara a principis del segle XX, amb la direcció de Mn. Miquel Ordeig, l'any 1925, es va formar el Patronat, amb la intervenció de l’Ajuntament de Vic i el Bisbat, i es van oferir, per primera vegada a Vic, classes nocturnes de català.
La postguerra va comportar la incorporació de l’internat i l’adveniment de la democràcia va donar l’empenta final a la definició del Col·legi Sant Miquel dels Sants: escola catalana, cristiana, competent i democràtica. Amb la direcció de Ricard Torrents va començar l'EGB a l'ala est de l'edifici del Seminari i es va crear l’Associació de Mares i Pares (1974) i l’Escola Universitària Balmes (1977), primer nucli de la que seria la futura Universitat de Vic.
L'any 1977 la nostra escola va acollir el naixement de l’Escola Universitària Balmes, primer nucli de la futura Universitat de Vic.
L'any 1978 Mn. Enric Vives va començar el BUP mixt i, un any després, el 1979, el Preescolar. L'any 1984 es va fusionar l’ensenyament del batxillerat del Col·legi Pare Coll, el del Seminari i el propi. I, a més es va crear la Fundació Privada Col·legi Sant Miquel dels Sants. Quatre anys després, el 1988, Mn. Josep Massana va impulsar el concert de l’ensenyament primari i secundari amb el Departament d’Ensenyament de la Generalitat de Catalunya.
El centre dirigit per Ignasi Cruzate va fundar Publicacions del Col·legi Sant Miquel dels Sants. I el curs 2005-2006, ja sota la direcció d’Ignasi Roviró, es va obrir una tercera línia a Infantil que es va consolidar a 6è de Primària el curs 2013-2014. El curs 2010-2011 es va concertar l’etapa de l’ensenyament secundari postobligatori (batxillerat) amb el Departament d’Ensenyament.
El curs 2019-2020 es va fer un nou pas endavant. Es van iniciar els estudis de Batxillerat Internacional®, impulsats per Vanesa Ferreres, qui, el curs 2023-2024, agafa el relleu de la direcció. Es converteix en la primera dona en dirigir el Col·legi Sant Miquel dels Sants.